1.在電子顯微鏡中樣本必須在真空中觀察，因此無法觀察活樣本。隨著技術(shù)的進步，環(huán)境掃描電鏡將逐漸實現(xiàn)直接對活樣本的觀察；

　　2.在處理樣本時可能會產(chǎn)生樣本 本來沒有的結(jié)構(gòu)，這加劇了此后分析圖像的難度；

　　3.由于電子散射能力極 強，容易發(fā)生二次衍射等；

　　4.由于為三維物體的二維平面投影像，有時像不唯 一；

　　5.由于透射電子顯微鏡只能觀察非常薄的樣本，而有可能物質(zhì)表面的結(jié)構(gòu)與物質(zhì)內(nèi)部的結(jié)構(gòu)不同；

　　6.超薄樣品（100納米以下），制樣過程復雜、困難，制樣有損傷；

　　7.電子束可能通過碰撞和加熱破壞樣本；

　　8.此外電子顯微鏡購買和維護的價格都比較高。